A história começa 10 anos depois do fim de Dragon Ball Z, quando Son Goku é transformado numa criança de 10 anos devido às Black Star Dragonballs e tem que ir à procura delas para voltar ao normal. Isto leva Goku, junto com a Pan e o Trunks, a atravessar a Galáxia, por onde elas se espalharam. Durante as suas viagens eles passam por muitas aventuras. Conhecem Baby que pertence à espécie mais inteligente do Universo e que foi quase toda eliminada pelos Sayajins. Baby foi robotizado pelo Doutor Myuu. Ele chega à Terra, implanta ovos em quase todos os terrestres e toma controle do corpo do Vegeta. Quando Goku volta à Terra, quase todos os humanos estavam a ser controlados por Baby, até mesmo Dende. Com isso, Goku teve de lutar contra os seus próprios filhos, Gohan e Goten, e depois aparece Baby Vegeta. Lutou contra Baby Vegeta, mas perdeu. Quando Baby mandou seu golpe mortal, (A Grande Bola de Rancor), Goku foi salvo por Kibitoshin. no entanto, devido a influencia das energias da Grande Bola de Rancor, Goku foi telepotado para o universo dos enigmas. quando conseguiu sair de lá. resolveu fazer o mesmo treinamento com o Supremo Kaioshin fez em Gohan.Teve de voltar ao mundo para voltar a lutar contra Baby Vegeta, matou Baby quando Baby saiu do corpo de Vegeta, foi para a sua nave, e o herói fez um Kamehameha na nave de Baby quando estava a passar pelo Sol, e assim projectou Baby para o Sol. Pórem, Dende entregou as Black Star Dragon Balls a Baby e este pediu que fizesse um novo planeta, Tsuful (onde Goku e Baby lutaram), e a Terra ia ser destruída, e então todos os heróis decidiram teletransportar para outro planeta os humanos, mas Piccolo fica na Terra e morre. Mas tudo continua quando, no Inferno, Dr. Myuu e Dr. Gero fazem outro Andróide 17, para formarem o melhor Andróide até à data, Super 17, que, bastante depressa se torna numa ameaça, e Goku luta contra ele, mas é completamente dominado, porque Super 17 podia absorver poder, mas 18, que queria vingar a morte de Kuririn, aparece e atira ataques de KI a Super 17, no qual ele absorve, mas isso foi o suficiente para distraír o Super Andróide, e Goku, enquanto Super 17 absorvia os ataques de 18, Goku transpassa a barriga de Super 17 com o punho do Dragão, e depois para matá-lo com um Kamehameha. Goku foi pedir ao Dragão Sagrado que ressuscitasse todas as pessoas que tinham sido mortas, mas as Dragon Balls estão a mudar. Aparecem vários ShenLongs Malignos, e Goku derrota-os um a um, mas quando o ShenLong original aparece sem sequer ser chamado, diz que não vai fazer mais nenhum desejo, mas Goku convence-o faz um último desejo. Que era ressuscitar todas as pessoas da Terra que foram mortas por Ii-Shenlong e depois Shenlong fala que Goku tem que ir junto com ele, pois ficou muito poderoso.Após Goku ir com Shenlong,Vegeta morre por causas naturais.Pan já está bem velha e seu bisneto,Goku Jr,que é parecidíssimo com Goku,participa do Torneio de Artes Marciais onde luta na final contra Vegetta Jr,e esse é trineto de Trunks.Os dois lutam enquanto o espírito de Goku aparece pela última vez assistindo a luta dos jovens Sayajins.