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Heliopolis, uma colônia espacial neutra que mantêm em segredo uma fábrica, produzindo Gundams ultra-secretos para a a Earth Alliance, sofre um repentino ataque por parte da ZAFT, que é composta por Coordinators (humanos geneticamente modificados). Eles acabam roubando 4 desses Gundams. Durante a batalha, Kira Yamato acaba tendo de pilotar Strike, o último remanescente dos Gundams produzidos na fábrica. No meio da batalha, ele é surpreendido por seu melhor amigo, Athrun Zala, do lado da ZAFT, pilotando um dos Gundams roubados. Kira acaba por permancer do lado da Allance, o que faz com ele entre em conflito com Athrun, com cada um defendendo o ideal no qual acredita.
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