A sinopse de Dandadan é sobre dois adolescentes que se envolvem em uma aventura sobrenatural, onde enfrentam alienígenas, espíritos e outras criaturas:

- Momo Ayase

Uma estudante do ensino médio que acredita em fantasmas e foi criada por uma família de médiuns

-Ken Takakura

Um colega de classe de Momo que acredita em alienígenas e é apelidado de Okarun, abreviação de Occult-kun

Os dois se desafiam a investigar se suas crenças são reais ou não. Momo visita um hospital abandonado que é dito ser local de avistamentos de OVNIs, enquanto Okarun entra em um túnel assombrado.

A aventura leva os dois a se envolverem em uma guerra entre facções de criaturas ocultas. Momo desperta seus poderes ocultos e Okarun ganha o poder de uma maldição. Eles se unem a amigos e familiares para lutar contra os espíritos e os alienígenas.